Сидни Бристоу была студенткой первого года факультета Английской литературы, когда к ней подошли с предложением работы на организацию СД-6, которая была «тайной» частью ЦРУ. Она приняла предложение, и быстро стала агентом оперативником СД-6. СД-6 располагался в подвальных этажах здания банка Кредит Дофин, в котором Сидни якобы работала программистом, руководителем СД-6 был Арвин Слоан. В первой серии, спустя семь лет после начала её работы на СД-6, она говорит своему жениху Дэнни, о том, что она — шпионка. Так как ей надоело всех обманывать, а особенно,своего жениха. В СД-6 узнали об этом, в результате чего, Дэнни был убит. После убийства Дэнни, Сидни долго не появлялась на своей работе, и СД-6 начало на неё охоту. Спас Сидни её отец — Джек Бристоу, как оказалось так же агент СД-6, с которым она не виделась много лет. Джек Бристоу рассказал Сидни о том, что СД-6 — не часть ЦРУ, а террористическая организация, филиал Союза Двенадцати. Все новички агенты считали, что работают на ЦРУ. Только агенты с высоким уровнем доступа знали правду. Джек Бристоу был одним из них Сидни решается прийти в настоящее ЦРУ и рассказать о ее работе в СД-6. В ЦРУ ее нанимают, как двойного агента, и закрепляют за ней куратора, агента ЦРУ Майкла Вона. Так Сидни стала двойным агентом, основная задача которой — разрушение СД-6 изнутри. Как оказалось позднее, ее отец также является двойным агентом. А ее мать, Ирина Деревко, которая, как Сидни считала, погибла в автокатастрофе и была учительницей, на самом деле жива, и была агентом КГБ, приставленной к Джеку, чтобы шпионить за ним. Главные сюжетные линии первого сезона включают: 

тройная жизнь Сидни;
расследование смерти Дэнни Уиллом Типпином, другом Сидни;
поиск матери Сидни;
дружба Сидни с Фрэнси и Уиллом;
романтичные отношения Фрэнси с Чарли;
развитие отношений Сидни с Майклом Воном, к которому постепенно растет доверие и любовь.
Первый сезон телесериала фокусируется на развитии характера Сидни, и позволяет аудитории с ней ближе познакомиться. Другие сезоны продолжают эти темы, с иногда появляющимися звездами первой величины, специально приглашенными гостями, на протяжении всего сериала. Так как Сидни почти не знала свою мать, семья Слоанов Арвин и Эмили, считали Сидни своей дочерью, Слоан был другом Джека, и оба они в молодости работали в ЦРУ. В первом сезоне Сидни также обнаруживает свой портрет на одном из листов журнала Рамбальди, в дальнейших сезонах мать Сидни сказала ей, о том, что она избранная (Chosen One).