8 февраля 2003 Fox Network восстановили франчайз черепашек-ниндзя с помощью 4Kids Entertainment в виде субботнего мультсериала. Этот мультсериал был спродюсирован самой Mirage Studios. Mirage постоянно следила за разработкой сериала, и в результате мультсериал стал больше похож на оригинальный комикс, став более мрачным и драматичным, чем сериал 1987 года. Сериал отличается тем, что Шреддер здесь не человек, а инопланетянин. Хамато Йоши здесь был Стражем (одним из людей, которые охраняли Утромов).

С некоторого времени мультсериал появился и в России, но не смог добиться той же популярности, что и мультсериал 1987 года. Транслируется на канале ТВ-3 и 2x2.

Черепашки-ниндзя: Трибунал ниндзя

Пятый сезон сериала отличался от остальных, прежде всего тем, что выходил только на DVD и состоял из 12 серий.13 серия не вышла. Черепашки прибыли в Японию, чтобы подготовиться к последней встрече со Шреддером. Сериал получился с уклоном к фэнтези — черепашки сражались с драконами, противостояли чёрной магии и носили амулеты дарующие своим владельцам магические способности. Пятый сезон еще не вышел на DVD в России.

Черепашки-ниндзя: Полный вперёд

После завершения основной сюжетной линии последовала небольшая пауза, в рамках которой Mirage занималась созданием шестого сезона который увидел свет 29 июля 2006 года. Сериал начинал новую сюжетную линию с подзаголовком «Полный вперёд» (Fast Forward). Черепашки, пролетев сквозь время, попадают в Нью-Йорк 2105 года. У них новый друг Коуди Джонс (правнук Эйприл О’Нил и Кейси Джонса), лазерное оружие, новые приключения, а также и новые враги, с которыми они раньше не встречались, но с которыми им предстоит сразиться.

Возвращение домой

Седьмой сезон. Новый мультсериал про черепашек, известного также как «Back to the sewers». Это сезон характеризуется весьма неожиданными поворотами сюжетных линий, что, увы, совсем не всегда идёт на пользу. Как только черепахи возвращаются из будущего Сплинтер розбиваются на биты и разлетаются по всему кибер пространству (интернету).Отличительная черта— у черепашек снова есть зрачки. Седьмой сезон уже вышел на DVD с русским дубляжом.

Громилы с острова мутантов

В продолжение мультсериала в 2009 году вышел также ТВ-проект «Громилы с острова мутантов» (Mayhem From Mutant Island), представляющий собой 13 эпизодов продолжительностью приблизительно по полторы минуты и связанных одним сюжетом. В совокупности их можно считать единой 156-й серией. В России не транслировалось.

Мини-эпизоды

Одновременно с первыми двумя сезонами мультсериала в США транслировались 22 мини-эпизода продолжительностью приблизительно по минуте. Сюжеты мини-эпизодов являлись юмористическими и не были связаны между собой. В России не транслировались.

Battle Nexus

В 2003 году была выпущена компьютерная игра по мотивам первого сезона. В 2004 вышло её продолжение — Battle Nexus, в котором появились сюжетные моменты, некоторые персонажи, видеоролики и небольшие эпизоды, так и не использованные в мультсериале. Видео официально не переводилось, посмотреть его можно только в игре Battle Nexus.

Юные Мутанты Черепашки-Ниндзя (2012)

Продолжение мультсериала Юные Мутанты Черепашки-Ниндзя. Новые приключения!. Премьера состоится в 2012 году на канале Nickelodeon.