Элайза Душку родилась в Уотертауне, штат Массачусетс. В настоящее время она проживает в Каньоне Лорель, Лос-Анджелесе. Она — дочь Филипа Р. Душку, албано-американского администратора и преподавателя в Бостонских общественных школах, и его бывшей жены Джудит, университетского администратора и профессора в Саффолкском Университете, которая является датчано-американкой по линии обоих дедушек и англо-американкой по линии ее бабушек. Душку посещала школу Beaver Country Day (дословный перевод — Национальный День Бобра) в Chestnut Hill (дословный перевод Каштановый Холм) и будучи подростком окончила Уотертаунскую среднюю школу (штат Массачусетс). Мать Элайзы была мормонкой и часто брала дочь в церковь по воскресеньям, но сейчас Элайза не исповедует мормонизм. У неё есть три старших брата Аарон, Бенджамин (род. 5 февраля 1976), и Натан (род. 8 июня 1977, Бостон, Массачусетс), последний является моделью и актёром. Её родители развелись, когда она была ещё младенцем.

Душку привлекла внимание агентов по кастингу, когда ей было всего 10 лет. Она была выбрана после пяти месяцев поисков по всей стране на роль Алисы, играющей вместе с Джульетт Льюис в фильме «Той самой ночью» (1992). В 1993 году Элайза сыграла в фильме «Жизнь этого парня» вместе с Робертом Де Ниро и Леонардо Ди Каприо и эта роль открыла ей дверь в большое кино. В следующем году она играла дочь Арнольда Шварценеггера и Джейми Ли Кёртис в фильме «Правдивая ложь». В 1995 году она играла дочь Паула Рейзера в фильме «Прощай, любовь».

После этого Элайза взяла небольшой перерыв, чтобы окончить школу. Она была принята в Университет Джорджа Вашингтона в Вашингтоне и Суффолкский Университет в Бостоне, где её мать работает профессором.

После окончания средней школы Элайза вернулась на экраны в роли Фэйт в сериале «Баффи — истребительница вампиров». Изначально было запланировано всего пять эпизодов, в которых Душку появится в этой роли, но её персонаж стал настолько популярным, что она осталась в сериале до конца третьего сезона и потом ещё появилась в двух частях четвёртого сезона. И вернулась в конце 7 сезона для съёмок финала сериала.

В 2000 году Душку появилась в фильме «Добейся успеха» вместе с Кирстен Данст. Фильм ожидал огромный успех и хорошие продажи на DVD, после последовало ещё продолжение фильма специально для DVD, но Элайза там уже не снималась. В 2001 году Кевин Смит пригласил Душку сняться в его комедии «Джей и Молчаливый Боб наносят ответный удар», в этом фильме она снялась с такими звездами как Шэннон Элизабет, Эли Лартер, Бен Аффлек и многими другими. В 2003 году Элайза снялась в фильме «Поворот не туда», где у неё уже была настоящая звездная роль. Начиная с этого года она начала сниматься в главной роли в сериале «Вернуть из мертвых», где она играла студентку Тру Дэвис, которую взяли на работу в морг, где она открывает в себе способность возвращаться назад во времени по зову умершего, и пытается помочь ему избежать смерти.

В 2001 году в интервью для журнала «Maxim» Душку сказала о своих ролях: «Легко играть плохую девочку: Ты только делаешь всё, что тебе до этого запрещали, и не думаешь о последствиях, только так это и выходит».

Элайза Душку снималась в клипе панк-группы Simple Plan «I’m Just a Kid».