В декабре 2006 года она начала встречаться с актером Джеффри Дином Морганом. В марте 2007 года пара чуть было не объявила о помолвке, а в июне того же года они расстались. Вскоре они помирились, но ненадолго – в апреле 2008 года они вновь объявили о разрыве. В сентябре 2007 года Паркер удочерила девочку из Эфиопии, которая стала вторым ребенком в семье. В 2004 году Мэри-Луиз родила мальчика Аттикуса Уильяма Паркера от актера Билли Крадопа. Билли ушел из семьи, когда Паркер была на седьмом месяце беременности.