Основой сюжета первых трех сезонов является прошлое Блум, о котором она хочет узнать. Блум узнаёт, что является принцессой планеты Домино — царства Огня Дракона. Ее планета была превращена в ледяную пустыню тремя древними ведьмами, и ее король с королевой, — настоящие родители Блум, пропали без вести. Развязка событий первых трех сезонов наступает в полнометражном мультфильме «Винкс: Тайна затерянного королевства». Начиная с четвертого сезона Винкс решают другие проблемы, борясь со злом.
Первый сезон
Шестнадцатилетняя девушка Блум спокойно живет на Земле в городе Гардиния (располагается в Северной Америке). С детства она любила мир фей. В один прекрасный день она встретила необычную девушку, на которую напали магические чудовища. Как оказалось, она обладает волшебными силами и отбивалась, как могла. Блум помогла ей, сумев отбросить монстров энергетической волной. Девушка очень устала после сражения, и Блум отвела ее к себе домой. Волшебница рассказала Блум, что её зовут Стелла, и она — фея солнца и луны; помня произошедшее, она объясняет Блум, что та тоже является феей и рассказывает ей о школе для фей Алфея, где она учится. Стелла отвела ее в мир Магикс и показала волшебную школу, где Блум решает остаться. В Алфее Блум и Стелла создают Клуб Винкс вместе со своими новыми подругами: Флорой, Музой и Текной.
Вскоре после начала обучения в Алфее они сталкиваются с ведьмами из Облачной Башни: Айси, Дарси и Сторми, которые именуются Трикс. Трикс хотят заполучить великую силу Огня Дракона. Не подозревая, где действительно находится сила, они предполагают, что она заключена в волшебном кольце Стеллы. Они воруют кольцо, но вскоре понимают, что оно бесполезно для них. Винкс забирают кольцо назад. Однажды, когда Трикс схватили Музу, Блум в ярости высвобождает огромную энергию, и Трикс понимают, что сила Огня Дракона заключена в ней. Трикс всячески пытаются ее заполучить, пока не берут в заложники приемных родителей Блум. Обманом ведьмы забирают себе Огонь Дракона.
Позднее Блум помогает вернуть свою силу её сестра — нимфа Дафна, а точнее, ее дух. Блум узнает, что является принцессой планеты Домино, а сама её планета лишена жизни тремя древними ведьмами. Также она узнает, кто её настоящие родители — это Орител и Марион — король и королева Домино. Когда Блум вновь обрела свою силу, Клуб Винкс побеждает Трикс в битве, когда те вознамерились подчинить себе волшебное измерение. Блум понимает, что является самой сильной феей в истории. Она начинает усиленно интересоваться своим прошлым. Пять девушек становятся очень сильными феями добра и посвящают свою жизнь защите волшебного измерения. Их ждут многочисленные приключения, и они становятся неразлучными подругами. В решениях сложностей им помогает директриса школы Фарагонда. Также к борьбе против сил зла присоединяются директор Красного Фонтана — Саладин и директриса Облачной Башни — Гриффин.
В течение сезона у девушек появляются друзья из школы Красный Фонтан: Скай становится близким другом Блум, Брендон — Стеллы, Ривен — Музы и Тимми — Текны. Между девушками и парнями складываются романтические отношения.
Второй сезон
Второй сезон начинается с появления новой феи — Лейлы. Лейла — принцесса планеты Андрос, и ее сила заключается в использовании волшебного морфикса. Она должна спасти своих маленьких подруг пикси, которых держал в плену лорд Даркар. У нее есть своя феечка-пикси — Пифф. Блум, Стелла, Скай, Брендон и Лейла отправляются на помощь пикси, и их с феечками соединяют волшебные узы: Блум с Локетт, Стеллу с Амур, Музу с Тьюн, Текну с Диджит и Флору с Чаттой.
Трикс возвращаются из ссылки и присоединяются к лорду Даркару, который хочет получить волшебный кодекс, части которого спрятаны в школах магии и в поселении пикси. Блум продолжает глубоко интересоваться своей историей и своими настоящими родителями, в чем ей помогает новый преподаватель — профессор Авалон. Позднее оказалось, что первоначальный Авалон был не настоящим, а посланником Даркара. Настоящий Авалон был у него в плену.
На протяжении этого сезона все Винкс получают силу Чармикса, которая делает их сильнее. Блум дважды попадает под тёмное колдовство Даркара, вынуждающее подчиняться ему. В последней битве с Даркаром клубу Винкс удается вернуть прежнюю Блум, дав волю ее чувствам к Скаю и тем же чувствам, которые они все к ней испытывают. Блум изливает всю свою ярость на Даркара и побеждает его вместе с Трикс.
В этом сезоне Флора находит своего парня: это Гелия — племянник Саладина, — директора школы специалистов Красный Фонтан. Лейла становится одной из фей Клуба Винкс. Блум продолжает разгадывать тайны своего прошлого.
Третий сезон
В третьем сезоне Винкс находятся перед лицом нового очень сильного и опасного врага — Валтора. Валтор — древний маг, созданный тремя древними ведьмами из искры от пламени Великого Дракона. Валтор сражался против родителей Блум, но они из последних сил заключили его в измерении Омега. Валтору из Омеги помогают бежать Трикс, которые были брошены туда за их преступления.
В течение сезона Винкс получат окончательное превращение — силу Энчантикса. Феи Энчантикса также обладают волшебной пыльцой, с помощью которой можно снимать темные заклинания, в дальнейшим это им очень пригодится. Всех их ждут нелегкие приключения, им придется пойти на жертву ради кого-то, таким образом получив Энчантикс. Только Блум добилась получения Энчантикса усилием воли.
Блум узнаёт, что когда-то Валтор сражался с ее родителями по приказу древних ведьм и обманом победил их. Позднее Валтора победила Команда Света, в состав которой помимо родителей Блум входили Фарагонда, Гриффин и Саладин. Гриффин изначально была на стороне Валтора, но затем перешла на правую сторону и стала директрисой школы ведьм.
Винкс отправляются за Водными Звёздами, сила которых противоположна Огню Дракона и её можно использовать, чтобы победить Валтора. Их удается получить нелегкой ценой. Каждой из трех фей, решивших пройти лабиринт, чтобы получить Водные Звезды, пришлось пожертвовать чем-то очень дорогим. Валтор насылает на Магикс силу четырёх стихий и забирает себе Водные Звёзды. Но Блум удалось открыть Ларец Агадора, где Валтор держал все свои заклинания. Три Древние Ведьмы разочаровались в Валторе и отобрали навсегда его человеческое обличие. Блум победила Валтора в ментальной битве. Трикс снова схватили и отправили в Светлый Камень.
Также в этом сезоне Лейла находит своего парня — Набу, волшебника, за которого родители собирались силой выдать ее замуж, однако она поняла, что сама любит его. Блум продолжает поиски своих настоящих родителей.
Первый полнометражный мультфильм
События трех сезонов завершил полнометражный мультфильм «Винкс: Тайна затерянного королевства», где Блум и ее подруги отправляются в королевство Домино в поисках настоящих родителей Блум. Феям, конечно, помогают специалисты.
Блум встречается с тремя древними ведьмами, и ей приходится делать выбор: сдаться или позволить приемным родителям умереть, хотя на самом деле они не были в опасности. Ей всё же удается раскрыть обман, теперь ведьм можно победить только мечом короля Оритела, который может извлечь из камня только нареченный король; другого ждет смерть. И тут это делает Скай, после чего теряет сознание. Блум испугана, думая, что Скай погиб, но он встает и прогоняет ведьм, сняв с планеты их заклятие. Он объясняет Блум, что отец сделал его королем Эраклиона, поэтому он не мог быть рядом с ней раньше.
Из каменных статуй родители Блум и остальные люди в Домино оживают, вся планета преображается и принимает свой изначальный облик. Заклятие Обсидиана разрушено.
Приключение заканчивается величественным танцем в королевском дворце Домино. Винкс танцуют каждая со своим любимым. Скай на королевском балу в Домино делает Блум предложение, и она с радостью соглашается. Теперь Блум, после всех пережитых приключений, наконец, может остаться жить в родном мире Домино.
Четвертый сезон
В четвертом сезоне Винкс возвращаются в качестве преподавателей в школу Алфея. Директриса Фарагонда показывает им трофейные крылья Энчантикса и отводит в Зал Волшебства, куда могли зайти только самые выдающиеся личности. Она рассказывает Винкс о новой трансформации Беливикс, которая является более высокой формой развития Энчантикса. В дальнейшем Винкс открывают новые возможности в Беливиксе: Спидикс, Зумикс и Трасикс. Блум идет по коридору истории волшебного измерения и видит на стенах портреты злейших своих врагов: Древних ведьм, Трикс, лорда Даркара и Валтора. За портьерой она обнаруживает портрет четверых неизвестных злых магов.
Чуть позже возле Алфеи появляются те самые маги, их имена Огрон, Думан, Гантлос и Анаган. Они всю жизнь занимались охотой на фей Земли и теперь решили забрать последнюю земную фею. Они полагали, что это Блум, но темный портал отказался ее принять, и они отправились в поисках феи на Землю. Винкс отправляются на нашу планету с целью защитить эту девушку, которая, как оказалось, живет в Гардинии. Специалисты тайно отправляются им помогать.
Чтобы поддерживать своё благосостояние на Земле, Винкс открывают магазин «Любовь и Звери», в котором дарят жителям Гардинии симпатичных маленьких зверьков (которых Флора придумала создавать из мягких игрушек), занимаясь продажей предметов ухода за зверьками. Последнюю фею Земли зовут Рокси. Винкс удается убедить ее в том, что она — фея. Поверив в них, Рокси помогает Винкс обрести силы Беливикса. Винкс получают новую силу, которая посредством веры людей в них помогает им бороться с магами Черного круга.
Противостоять Черному кругу может лишь Белый круг, который однажды случайно находит Рокси. Но Рокси не единственная фея Земли: существуют и другие, первоначальные феи Земли, которые были заключены магами Черного круга на остров Тир Нан Ог. Через Белый круг сознанием Рокси периодически овладевает одна из фей Земли — Небула, которая жаждет отомстить магам. В решающей схватке с магами первой половины сезона Рокси приходится использовать Белый круг для того, чтобы атаковать магов, так как Винкс ослаблены. К Рокси явилась Моргана и сказала, что не нужно бояться. После того, как Белый круг ослабил магов, Винкс победили их.
После первой победы над колдунами Винкс продолжили спокойную жизнь на Земле, проявив себя как замечательных певиц и образовавших рок-группу Винкс. Много испытаний пережили их отношения с парнями. Ослабленные маги, однако, вскоре вернулись и обманным путем втерлись в доверие к Винкс. Винкс с помощью Белого круга освобождают фей Земли, однако те вместо благодарности предложили присоединиться к ним в борьбе с «предавшими их мир» людьми.
В дальнейшем Винкс получают от Эфирных фей так называемые Дары Судьбы: Софикс и Любовикс. Дары судьбы должны помочь Винкс в противостоянии обезумевшим от жажды мести феям Земли, которые начали терроризировать людей и превращать планету в дикие заросли. В конце концов Винкс удается утихомирить земных фей, а маги тем временем предстали перед судом Морганы — королевы земных фей. Они обманули всех и с помощью Черного круга напали на фей и открыли воронку, которая затягивала их внутрь. Набу пожертвовал собой ради победы над магами. Один из даров судьбы предусматривал однократную помощь умирающему, но Огрон взял его и применил на иссохший росток, из которого вырос цветок. Лейла в отчаянии заключила энергию Набу в этом цветке. В конце Лейла с целью отомстить магам присоединилась к Небуле. Моргана рассказывает Рокси, что та является ее дочерью, принцессой земных фей. Колдуны скрываются в измерении Омега, Винкс отправляются туда на помощь Лейле; они не хотят, чтобы она опускалась до убийства. Однако колдуны сами погубили себя, они замерзли во льдах Омеги и упали в пропасть.
Мир на Земле восстановился, и как ни привыкли они к жизни на этой планете, Винкс улетают в привычном Энчантиксе обратно в Магикс…
Второй полнометражный мультфильм
Алфея празднует начало нового учебного года, в то время как Блум на Домино переживает лучшие моменты своей новой жизни принцессы. Она наконец нашла своих родителей, и Скай сделал ей предложение. С помощью Трикс древние ведьмы нашли Древо Жизни, которое содержит положительные и отрицательные стороны магии. С помощью мощного заклинания они нарушают этот баланс и забирают всю хорошую энергию из Магикса. У Ская обнаруживается тёмный секрет.