Данный сезон включает в себя две истории: про Дерево Мира Духов и про Хрустальный Токио и войну с Немезисом.
Нашему миру снова грозит опасность и опять требуется помощь воинов. Но после битвы на Северном полюсе они ничего не помнят и вернулись к обычной жизни, они даже не знают, что когда-то были знакомы. Позже они встречаются и вспоминают о прошлых жизнях. Случается это очень вовремя — на Землю в районе Токио падает метеорит, а вместе с ним новые враги — Эйл и Анна. У пришельцев есть волшебные карты Таро, с помощью которых они освобождают демонов-кардьянов, а также Древо Мира Духов — разумное растение и предок их расы, последними представителями которой Анна и Эйл являются. Под видом брата и сестры, Седжуро и Нацуми Джинго, они проникают в школу Усаги и начинают собирать энергию людей, без которой сами Чужие и Древо погибнут. Мамору теряет память, и теперь борьбу за его любовь начинают Усаги и Анна. Седжуро же влюбляется в Усаги, а в него — Макото. Одновременно с этим на помощь сейлор-воинам приходит таинственный Рыцарь Лунного Света, уж очень похожий на Такседо Маска. Против новых врагов у девочек не хватает сил, и тогда они получают новые жезлы и атаки! В итоге поверившие в добро Чужие вместе с ростком очищенного Древа улетают на поиски нового мира, а Мамору вспоминает своё прошлое и возобновляет отношения с оданго-атамой. Однако история не окончена — на Усаги неожиданно сваливается «сестра» — вредная, очень похожая на неё девочка по имени Чибиуса. Как выясняется, она является будущей дочерью Усаги и Мамору, отправившейся в прошлое, чтобы найти Серебряный кристалл, утерянный в её времени.
В Хрустальном Токио будущего враги — изгнанный когда-то с Земли на ледяную планету Немезис Клан Тёмной Луны, сообщество революционеров-аристократов, готовы уничтожить их мир. Король Эндимион и королева Нео-Серенити не в силах защитить планету без Серебряного кристалла, а воины-хранители ещё недолго смогут продержаться, чтобы не дать планете пасть окончательно.
Понимая, что кристалл — ключ к победе, немезисцы тоже совершают путешествие во времени, желая завладеть кристаллом ещё в прошлом. Чтобы защитить мир от поползновений новых врагов, реальная мать Сейлор Мун из прошлого — королева Селенити, дарует ей новую силу. Первыми охоту за Чибиусой начинают четыре сестры-преследовательницы: Петцайт, Калаверайт, Бертрайт и Кермецайт, а командует ими глава вооружённых сил Немезиса — Красный Рубин (Кримсон Рубиус). Помимо поиска Чибиусы, сёстры занимаются размещением Тёмных Клиньев, чтобы уничтожить энергетический центр Хрустального Токио. Одна за другой сёстры-преследовательницы переходят на сторону добра и становятся обычными людьми, а Красный Рубин похищает Чибиусу и сейлор-воинов на свой НЛО, но те сбегают с его корабля с помощью сейлор-телепортации. На охваченной огнём летающей тарелке появляется ещё один член Клана Тёмной Луны — Зелёная Изумруд (Грин Эсмеруд), которая оставляет погибать своего коллегу в страшных муках, а сама занимает его место. Изумруд продолжает устанавливать Тёмные Клинья, она, в свою очередь, подчиняется двум принцам Немезиса — Алмазу и Сапфиру, в первого она тайно влюблена. Алмаз остаётся равнодушен к её чувствам, в его сердце живёт любовь к новой королеве Серенити, которая благополучно уснула по его же вине, защищая Хрустальный Токио. Когда воины отправляются в будущее, чтобы спасти город, Алмаз подмечает удивительное сходство Сейлормун с будущей королевой и похищает её. Сейлормун не отвечает на его пламенные чувства и сбегает с лёгкой руки любимого Мамору. Понимая, что для Алмаза она только член команды, Изумруд решается на отчаянный шаг — попросить помощи у коварного и таинственного Мудреца, который выполняет роль местного оракула. Он обращает её в страшного змея. Изумруд нападает на воинов, но они побеждают её. В тоске после поражения она погибает. Эта участь постигает и несчастного Сапфира, который узнаёт о планах Мудреца погубить Землю, и пытается ему помешать. Случайно Мудрецу открывается истинная правда о силе Чибиусы. Играя на её чувствах, он заманивает её к себе и обращает в Тёмную Леди. При этом из маленького ребёнка она превращается в юную девушку. Воины пытаются вернуть её, но терпят неудачу. С её помощью Мудрец открывает Тёмные врата, которые должны погубить Землю. Тем временем Алмаз предпринимает ещё одну попытку добиться любви Сейлормун. Она оборачивается для него трагически. Защищая её, он погибает. Сейлормун и Мамору удаётся вернуть Чибиусу. Чувствуя свою вину за произошедшее в прошлом (она явилась прямой виновницей исчезновения серебряного кристалла) Чибиуса помогает Сейлормун расправиться с Мудрецом и защитить мир.