Джон Гевин Малкович родился 9 декабря 1953 года, в городке Кристофер, штат Иллинойс, США.

В школе Джон Малкович занимался музыкой. Учился в Восточно-Иллинойском университете, изучая экологию. В 1976 году Малкович с друзьями организовал чикагскую группу Steppenwolf Theater Company.

Дебют Джона Малковича на профессиональной сцене состоялся в 1978 году в труппы чикагского театра Steppenwolf Theatre. Они играли пьесу Сэма Шепарда «Проклятье голодающего класса» в Goodman Theatre. В течение семи лет Малкович работал в самых разных местах и при этом продолжал играть в театре — принял участие в более чем в 50 постановках. В 1984 году он выступил на Бродвеее в спектакле «Смерть коммивояжера» совместо с Дастином Хоффманом. Во время работы на Бродвее Джон Малкович дебютировал в кинематографе в фильме «Место в сердце», за который был номинирован на «Оскар».

Одной из его лучших ролей в кинокартинах стал виконт де Вальмон в фильме Стивена Фирса «Опасные связи» (1988). Вскоре актера пригласил Бернардо Бертолуччи на главную роль в своем фильме «Под покровом небес» (1990), затем он сыграл изобретательного убийцу, противостоящего агенту секретной службы, роль которого исполнил Клинт Иствуд, в боевике Вольфганга Петерсена «На линии огня». За эту работу актер удостоился второй номинации на «Оскар». Широкое признание получила игра актера в «Мэри Райли» и боевике «Воздушная тюрьма». Несмотря на головокружительную карьеру в кинематографе, Джон Малкович продолжает выступать как театральный актер.