Одно из последних появлений Брандо на экране — в видеоклипе на песню его друга Майкла Джексона «You Rock My World» (2001).

Через два года после смерти Брандо на экраны вышел фильм «Возвращение Супермена», в котором актер вновь играет роль отца Супермена. Это стало возможным благодаря использованию компьютерных технологий, позволивших синтезировать его голос.

Личная жизнь почти всех детей Брандо сложилась неудачно. Одна из его дочерей страдала шизофренией и покончила с собой в возрасте 25 лет. Старший сын был осужден в 1990 году за убийство приятеля своей сестры, совершённое в калифорнийском особняке отца.

В своей автобиографии Брандо утверждает, что у него был роман с Мэрилин Монро. Из актеров молодого поколения он был дружен с Джонни Деппом.

Начиная с 1976 года, многие биографы Брандо утверждали, что он бисексуален. В 2006 году даже вышла книга с домыслами о том, что у Брандо был роман с другой легендой американского кино, Кэри Грантом.

Брандо никогда не скрывал, что хранит у себя дома урну с прахом своего ближайшего друга (и, как утверждали некоторые, любовника) актера Валли Кокса, завещав развеять его прах вместе со своим собственным. Когда вдова Кокса узнала об этом из интервью, она попыталась вчинить иск об изъятии праха своего супруга, однако судья не нашел здесь предмета для разбирательства.

Имя Марлона Брандо упоминается в десятках популярных песен, включая следующие: «Pocahontas» Нила Янга, «China Girl» Дэвида Боуи и Игги Попа, «We Didn’t Start the Fire» Билли Джоэла, «Vogue» и «Super Pop» Мадонны, «Advertising Space» Робби Уильямса, «It’s So Hard to Be a Saint In the City» Брюса Спрингстина, «I Wanna Be Marlon Brando» Рассела Кроу, «Back to Tupelo» Марка Нопфлера, и «Eyeless» группы Slipknot.